由環保局管理的路氹城生態保護區位於蓮花大橋附近，佔地五十五公頃，其中西邊河岸、面積約四十公頃的生態二區是鳥類覓食區，其東側面積約十五公頃的生態一區主要為雀鳥棲息區。路氹城生態保護區為澳門重要的濕地，為珠江口候鳥如黑臉琵鷺等的重要棲息地。
三方面管理濕地
作為半人工濕地，局方在濕地管理中以保育為主、適度人工介入為輔的方式。持續定期檢討濕地內的各種生態環境及設施，以切合野生動植物的需要，是日常濕地管理的一項重要工作。管理措施大致可分為水質、動物和植被三個方面。
隨着潮汐進入生態區的泥沙長年緩慢沉積，為了令水鳥有足夠的棲息水面，於一○年生態區進行了灘塗優化工程，開挖了兩條人工水道，加強水流交換，豐富候鳥的棲息生境。為保證水質穩定，生態區每月監測分析水質一次，監測數據主要用來評定保護區內濕地的水質。如發現水質變差，即開動水閘加快水交換來改善。對於季節性的巨型水藻滋生，以人工撈取清理，預防水體富營養化。
植被管理上，透過定期清除雜草及生態價值較低的老鼠簕，用以增加物種多樣性及吸引各種不同類型的野生動物。例如，生態區很多林鳥以昆蟲及植物的種子為食，生態一區內種植了小葉榕及青果榕，為八哥及椋鳥等留鳥提供漿果食物。為了維護生態區的物種相對穩定，濕地管理注重控制外來物種，擴大候鳥覓食的空間，亦成為黑臉琵鷺喜愛的棲息灘塗。