港珠澳大橋珠海口岸珠澳將首次採取“合作查驗、一次放行”的通關模式，位於旅檢大樓 B區的珠澳口岸出入境檢驗共有 40條自助通道，在通道兩端旅客會先後刷 2次卡，1次為珠海邊檢系統查驗刷卡，1次為澳門邊檢系統查驗刷卡，但進出兩地口岸只需排一次隊，整個通關時間將會大大縮短。
人工合作查驗時，同一個服務崗亭可以坐 4名邊檢民警，珠澳各 2名邊檢員警，可以背靠背聯合查驗左右 2條人工通道。報道稱，“聯合查驗、一次放行”的模式是首次內地口岸通關應用，可大大提高通關效率。
報道稱，珠澳旅檢樓共有 3層，入境和出境大廳分別位於 2樓和 3樓，1樓為出境客車檢查區及出境貨車貨物檢查區，並創新利用架空層設置出境隨車人員驗放廳。